Genome-Scale Algorithm Design

"Genomskalig algoritmisk design. Den högproduktiva sekvenseringstekniken har revolutionerat fältet för biologisk sekvensanalys. Dess tillämpning har möjliggjort för forskare att adressera viktiga biologiska frågor, ofta för första gången. Denna bok ger en integrerad presentation av de grundläggande algoritmerna och datastrukturerna som driver moderna arbetsflöden för sekvensanalys. De behandlade ämnena sträcker sig från grunderna i biologisk sekvensanalys (alignment och dolda Markov-modeller), till klassiska indexstrukturer (k-mer-index, suffix-array och suffix-träd), Burrows–Wheeler-index, grafalgoritmer samt ett antal avancerade omics-applikationer. Kapitlen innehåller talrika exempel, algoritmvisualiseringar, övningar och problem som valts ut för att spegla stegen i storskaliga sekvenseringsprojekt inklusive läsalignering, variantuppringning, haplotyping, fragmentassembly, alignmentfria genomjämförelser, transkriptförutsägelser samt analys av metagenomiska prover. Varje biologiskt problem åtföljs av precisa formuleringar vilket ger doktorander och forskare inom bioinformatik och datavetenskap en kraftfull verktygslåda för de framväxande tillämpningarna av högproduktiv sekvensering.