Biological Sequence Analysis Using the SeqAn C++ Library

Biologisk sekvensanalys med hjälp av SeqAn C++-biblioteket är ett användarvänligt forskningsverktyg för testning och utveckling av algoritmer. Innan SeqAn-projektet fanns det en tydlig brist på tillgängliga implementationer för sekvensanalys, även för standarduppgifter. Implementeringar av nödvändiga algoritmiska komponenter var antingen otillgängliga eller svåra att nå i tredjeparts monolitiska programvaruprodukter. För att adressera dessa bekymmer skapade utvecklarna av SeqAn ett omfattande, lättanvänt, öppen källkodsbibliotek i C++ med effektiva algoritmer och datastrukturer för analys av biologiska sekvenser. Boken "Biological Sequence Analysis Using the SeqAn C++ Library", skriven av grundarna till detta projekt, täcker SeqAns bibliotek, dess dokumentation och den stödjande infrastrukturen. Den första delen av boken beskriver den generella biblioteksdesignen och introducerar problem inom biologisk sekvensanalys samt fördelarna med att använda programvarubibliotek. Den sammanfattar designprinciperna och målen för SeqAn, detaljerar de huvudsakliga programmeringsteknikerna som används i SeqAn samt visar tillämpningen av dessa tekniker i olika exempel. Fokuserat på komponenterna som tillhandahålls av SeqAn utforskar den andra delen grundläggande funktionalitet såsom sekvensdatastrukturer, justeringar (alignments), mönster- och motivsökning, strängindex samt grafer. Den sista delen illustrerar tillämpningar av SeqAn inom genomjustering (genome alignment), konsensussekvens vid sammansättningsprojekt (assembly projects), suffix-arraykonstruktion m.m. Denna praktiska bok beskriver ett användarvänligt bibliotek med effektiva datatyper och algoritmer för sekvensanalys inom beräkningsbiologi. Med hjälp av SeqAn kan inte bara nya algoritmer implementeras utan också befintliga algoritmers ljudanalyseras jämföras.